巢湖流域位于我省中部，巢湖流域东濒长江，西北为江淮分水岭，东北邻滁河流域，南与陈瑶湖、菜子湖及皖河流域毗连。流域跨合肥市、芜湖市、马鞍山市、六安市以及安庆市5市16个县(区)，流域总面积13486km²,约占安徽省总面积的9.3%。巢湖流域分为巢湖闸上片、巢湖闸下西河片和巢湖闸下裕溪河牛屯河片，裕溪河牛屯河片巢湖闸上入湖泊主要有南淝河、丰乐河、杭埠河、兆河等，巢湖闸下主要河流有奚河、西河、清溪河、牛屯河等，其中裕溪河、牛屯河为巢湖主非水入江通道。根据各片地形、水系特点采取相应的治理方案，其中巢湖闸上片以蓄、泄、防为主；西河片机排；辅以机排。