2008年11月由我院牵头组织研究的国家水体污染控制与治理科技重大专项湖泊主题巢湖水污染治理与富营养化综合控制技术及工程示范项目顺利通过答辩并申报取得成功，该项目是《国家中长期科学和技术发展规划纲要》设立的探月、大飞机等十六个重大科技专项之一，旨在为中国水污染控制与治理提供强有力的科技支撑。国家重大水专项下设湖泊、河流、城市水源等七个主题，是建国以来级别最高、投资最大、要求最严的国家级科技专项。我院牵头组织的巢湖生态调水课题属湖泊主题巢湖项目，其课题设置目标是通过江湖交换规律还原仿真、多目标生态水位调控、生态调水总体方案构建、现场调水示范和调水风险控制等多方面研究，为我国实施大型湖泊生态调水提供关键技术支撑和引领示范。