水资源是自然资源的重要组成部分，是人类生存和发展的基础。水资源合理配置是指在一个特定流域或区域内，以有效、公平和可持续的原则，对有限的、不同形式的水资源，通过工程与非工程措施在各用水户之间进行的科学分配。水资源配置是实现水资源合理开发利用的基础，是水资源可持续利用的根本保证。我院长期以来一直致力于流域区域水资源配置规划和方案的编制工作，并服务于国家和省级重大水利工程建设和水资源调配。通过引江济淮工程、江巷水库等工程，以及安徽省水资源综合规划、安徽省中西部级淠史杭灌区水量分配方案编制等，我院在水资源配置方面积累了丰富的经验。通过理论探索和实践总结认为，流域区域水资源配置关键技术如下。
合理划分单元，构建水资源配置计算模型。根据区域水资源禀赋情况及供用水方式的特点，构建适合区域水资源特点的水资源配置模型，并合理划分水资源配置单元。配置单元的划分是水资源配置的基础，水资源配置单元的划分要注重与现状及规划水利工程、水文站点的衔接。
注重工程综合利用，协调与防洪除涝的关系。我省地处气候过度带，洪、旱、涝并存，很多水利工程都是综合性利用工程，存在防洪、除涝和供水等多重任务。利用该类工程进行水资源配置时，要处理好其与防洪和除涝之间的关系。
强化河湖生态保护，统筹河道内外用水。水是自然界的组成部分，水资源配置中要充分考虑生态环境的要素，统筹河外经济社会用水与河道内生态环境用水之间的关系，切实做好水资源的开发利用和水生态环境的健康发展有机结合。
充分依据国家法规，确保配置成果合理性。近年来国家对水资源管理的要求明显提高，先后提出最严格水资源管理制度、水资源双控方案，以及水利行业强监管均对水资源的管理提出了新的要求，水资源配置中要突出水资源节约保护、河湖生态保护，在满足区域经济社会发展的同时也要符合水资源管理的要求。