基坑深井降水、深水围堰和深基坑支护是水利工程经常遇到的技术难题，我院现已形成一套较为成熟的关键技术解决方案。
施工处承担过多个大型工程基坑深井降水设计工作。采用清水固壁成井、滤管段外包滤料等工艺，同时根据井位布置，计算基坑内部不同位置位势，再调整井位布置等工艺措施和方法，在多个工程成功应用。如某泵站工程基坑面积10400m2，周边共布置深井35口，内外圈布置，分级降水，降水深度达15米左右；某船闸加固工程基坑面积4000m2，沿闸室两侧布置约30口深井，降深超过15m，均保证了基坑干地条件下施工。
我省沿江和沿淮地区一些节制闸的新建和加固工程，河道水深达8～10m，围堰最大挡水高度10m，围堰基础为淤质土和淤泥，厚达1～3m，承载力低，水中抛填围堰稳定性差，通过采取抛石固脚，控制水中倒土的含水量、抛填速率、土料粒径等技术措施，在裕溪闸除险加固、新建黄湾闸等工程的围堰填筑中均取得成功，经受住了高水头挡水考验。
水利工程深基坑通常无对撑、拉锚等有利条件，支护条件差，通过对单、双排钻孔灌注桩支护以及地连墙支护等多种支护体系的研究和应用，解决了多个复线船闸和泵站等工程深基坑支护难题，积累了丰富的深基坑支护技术经验。